Η Πρυτανεία υποστηρίζει σε διοικητικό και επιχειρησιακό επίπεδο τις Πανεπιστημιακές Αρχές του Ανοικτού Πανεπιστημίου Κύπρου. Κύριες αρμοδιότητες της Πρυτανείας είναι η σύναψη και οργάνωση διεθνών και εγχώριων συμφωνιών και συνεργασιών, περιλαμβανομένων δράσεων κινητικότητας, καθώς και θέματα εσωτερικής και εξωτερικής αξιολόγησης και διασφάλισης της ποιότητας σε όλα τα επίπεδα λειτουργίας του ΑΠΚΥ.

• Συντονισμός και οργάνωση της συμμετοχής του ΑΠΚΥ στο πρόγραμμα κινητικότητας Erasmus+ και σε άλλα διεθνή προγράμματα εκπαιδευτικών ανταλλαγών.
• Συντονισμός και προώθηση της δράσης του ΑΠΚΥ σε εγχώρια και διεθνή πανεπιστημιακά δίκτυα και οργανισμούς.

• Εσωτερική και εξωτερική αξιολόγηση και διασφάλιση της ποιότητας σε επίπεδο ιδρύματος και σε επίπεδο προγραμμάτων σπουδών.
• Παρακολούθηση της υλοποίησης του μακροπρόθεσμου στρατηγικού σχεδιασμού και του ετήσιου λειτουργικού προγραμματισμού για τη διασφάλιση ποιότητας τόσο ως προς τις διαδικασίες, όσο και ως προς τα αποτελέσματα.
• Υποστήριξη της συνεργασίας του ΑΠΚΥ με εθνικούς και διεθνείς φορείς που ασχολούνται με θέματα αξιολόγησης και διασφάλισης ποιότητας.
• Διασφάλιση της εναρμόνισης των διαδικασιών διασφάλισης ποιότητας του ΑΠΚΥ, με τις αρχές, τις κατευθύνσεις και τις οδηγίες του Εθνικού Φορέα Διασφάλισης και Πιστοποίησης της Ποιότητας της Ανώτερης Εκπαίδευσης (ΔΙ.Π.Α.Ε.).