Η Μεταπτυχιακή διατριβή συμβάλλει στην εμβάθυνση της έρευνας σχετικά με τα γνωστικά αντικείμενα του συγκεκριμένου Μεταπτυχιακού προγράμματος σπουδών στη «Διοίκηση Μονάδων Υγείας», στην εξοικείωση των φοιτητών/φοιτητριών με την έρευνα και τις ερευνητικές μεθόδους και στην απόκτηση περαιτέρω εξειδικευμένων γνώσεων από πλευράς φοιτητή/τριας στο συγκεκριμένο γνωστικό πεδίο που θα επιλέξει να εκπονήσει τη διατριβή της/του. Στη δεύτερη θεματική ενότητα, η οποία ακολουθεί την ολοκλήρωση της πρώτης ενότητας της Διατριβής (15 μονάδες ECTS), ο/η φοιτητής/τρια μπορεί να προχωρήσει στο δεύτερο μέρος (15 μονάδες ECTS). Κατά το δεύτερο μέρος εκπόνησης της μεταπτυχιακής διατριβής ολοκληρώνεται η υλοποίηση και η συγγραφή της μελέτης. Ταυτόχρονα η τριμελής επιτροπή αποφασίζει εάν ο/η φοιτητής/τρια είναι έτοιμος να προχωρήσει στη διαδικασία υποστήριξης της διατριβής του και, έτσι, να ολοκληρώσει το πρόγραμμα σπουδών του. Το Πρόγραμμα διοργανώνει δημόσιες παρουσιάσεις των διατριβών στο τέλος κάθε ακαδημαϊκού εξαμήνου. Στη διάρκεια της κάθε παρουσίασης Μεταπτυχιακής διατριβής ο/η φοιτητής/τρια παρουσιάζει την έρευνά του και τα πορίσματα και δέχεται ερωτήσεις από την τριμελή επιτροπή του. Με την ολοκλήρωση των ερωτήσεων ο/η φοιτητής/τρια αποχωρεί και η τριμελής επιτροπή συνεδριάζει ώστε να αξιολογήσει την απόδοση. Η επιτυχής υποστήριξη της Μεταπτυχιακής διατριβής και η λήψη τελικού βαθμού οδηγούν στην ολοκλήρωση των ακαδημαϊκών υποχρεώσεων του/της φοιτητή/τριας.