Ο σκοπός της Θεματικής Ενότητας (ΘΕ) είναι να εφοδιάσει τους φοιτητές με τις απαραίτητες γνώσεις στο επιστημονικό αντικείμενο της οικολογίας υδάτινων οικοσυστημάτων, ώστε να αποκτήσουν τις δεξιότητες που απαιτούνται, για να μπορούν στο μέλλον να λάβουν διαχειριστικές αποφάσεις για την τύχη τέτοιων οικοσυστημάτων. Στόχοι της ΘΕ αποτελούν η εκτίμηση της οικολογικής ποιότητας και η διαχείριση των υδάτων σε επίπεδο λεκάνης απορροής, σύμφωνα με την Οδηγία Πλαίσιο για τα Ύδατα 2000/60 της Ε.Ε., καθώς και η προαγωγή της διεπιστημονικής προσέγγισης και η δημιουργία εξειδικευμένου επιστημονικού δυναμικού για στελέχωση τόσο της έρευνας, όσο και της παροχής υπηρεσιών σε σχέση με τη διαχείριση των υδάτινων οικοσυστημάτων.

Η συγκεκριμένη ΘΕ έχει ως εκπαιδευτικό αντικείμενο τη θεωρητική, και πρακτική εκπαίδευση-κατάρτιση των φοιτητών στην προσέγγιση της παρακολούθησης υδάτινων συστημάτων και διαχείρισης των λεκανών απορροής. Στο μάθημα αυτό δίνονται τόσο οι βασικές θεωρητικές γνώσεις (Υποβάθρου-Γενικών γνώσεων, Επιστημονικής Περιοχής και  Ανάπτυξης Δεξιοτήτων), όσο και τα εργαλεία περιβαλλοντικής διαχείρισης υδάτινων οικοσυστημάτων όπως στατιστική επεξεργασία δεδομένων με μονοπαραγοντικές και πολυπαραγοντικές αναλύσεις π.χ. κ.λπ., εφαρμογή δεικτών για την αξιολόγηση των υδάτινων οικοσυστημάτων και της παρόχθιας ζώνης. Τα εργαλεία που παρουσιάζονται αποτυπώνουν τις σύγχρονες ευρωπαϊκές οδηγίες και εθνικές νομοθεσίες.

Απώτερος στόχος της ΘΕ είναι οι φοιτητές να αποκτήσουν οικολογική και πρακτική αντίληψη πάνω στα θέματα διαχείρισης υδάτινων πόρων με άμεσες και έμμεσες θετικές επιπτώσεις στην προστασία του περιβάλλοντος και στο κοινωνικό και οικονομικό εθνικό πλαίσιο ανάπτυξης.

Ο/Η φοιτητής/-τρια που θα ολοκληρώσει επιτυχώς την εν λόγω Θεματική Ενότητα, αναμένεται ότι θα είναι σε θέση να:

• Διακρίνει τους διάφορους τύπους υδάτινων οικοσυστημάτων.
• Συλλέξει τα στοιχεία εκείνα που είναι απαραίτητα για το διαχωρισμό των περιοχών σε τροποποιημένες και αναφοράς.
• Εφαρμόσει δείκτες παρακολούθησης της ποιότητας των υδάτινων οικοσυστημάτων χρησιμοποιώντας βιολογικά ποιοτικά στοιχεία.
• Πραγματοποιεί μονοπαραγοντικές και πολυπαραγοντικές αναλύσεις.