H Θεματική Ενότητα ασχολείται με μια μάλλον παραγνωρισμένη περίοδο του παρελθόντος. Η περίοδος αυτή σηματοδοτείται από την πτώση της Ρώμης και τη δημιουργία των ρωμαιοβαρβαρικών βασιλείων στη Δύση, τη συνάντηση του ελληνορωμαϊκού κόσμου με την χριστιανική κοσμοθεωρία, η οποία σταδιακά επιβάλλεται, την επιβίωση της ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας στην Ανατολή με κέντρο την Κωνσταντινούπολη και τη ραγδαία εξάπλωση των Αράβων και του Ισλάμ στην ευρύτερη περιοχή της Μέσης Ανατολής. Η μελέτη της προσφέρει στον φοιτητή τη δυνατότητα να γνωρίσει και να στοχαστεί σχετικά με τις διαδικασίες προσαρμογής του ελληνορωμαϊκού κόσμου στα νέα δεδομένα και τις ιδιαίτερες συνθήκες που οδήγησαν και καθόρισαν τη δημιουργία του Βυζαντίου, της αραβικής Ανατολής και της μεσαιωνικής Δύσης. Καλύπτοντας σημαντικά κενά στην αρχαιογνωστική παράδοση, όπως αυτή έχει διαμορφωθεί τους τελευταίους αιώνες στην Ελλάδα και την Κύπρο, η μελέτη της περιόδου αυτής έρχεται να ρίξει φως σε ζητήματα που συνεχίζουν να μας απασχολούν μέχρι σήμερα, όπως, π.χ., η θέση της ελληνορωμαϊκής κληρονομιάς και του χριστιανισμού στη διαμόρφωση της ευρωπαϊκής ταυτότητας, η καταγωγή των σύγχρονων ευρωπαϊκών εθνών, η εθνική ταυτότητα και το μοντέλο των υπερεθνικών κρατών, η ανοχή και θρησκευτική βία στο πλαίσιο των μονοθεϊστικών θρησκειών (Χριστιανισμός, Ισλάμ, Ιουδαϊσμός) κ.ά. Οι φοιτητές ενθαρρύνονται να μελετήσουν πρωτογενείς πηγές (κείμενα, επιγραφές, παπύρους, αρχαιολογικά δεδομένα) ώστε να αποκτήσουν μια συνολική εικόνα του πως κανείς μελετά τα ιστορικά δεδομένα της αρχαιότητας.
Στόχοι της Θεματικής Ενότητας (Θ.Ε.) είναι: